Вакцинация является очень близким к естественному способом выработки иммунитета. В результате вакцинации вырабатывается иммунитет, который похож на таковой после перенесённого инфекционного заболевания, но без симптомов самой болезни. Вакцинация не повреждает иммунную систему.

Согласно национальному календарю вакцинации Эстонии, дети вакцинируются от инфекционных заболеваний, которые могут иметь серьёзные последствия в случае заболевания или распространения инфекции, от младенчества до взрослой жизни. В настоящее время национальный календарь прививок содержит вакцинации от:

• туберкулеза
• ротавируса
• гепатита Б
• дифтерии
• столбняка
• коклюша
• полиомиелита
• бактерии Гемофилюс инфлюэнца
• свинки
• кори
• краснухи
• ВПЧ (вируса папилломы человека)

Взрослые люди старше 18 лет, согласно календаря вакцинации, должны прививаться от столбняка повторно каждые 10 лет. В случае травмы интервал вакцинации составляет 5 лет. Вакцинация является добровольной. Вакцинация ребенка и лица с ограниченной активной дееспособностью определяется родителем или его законным представителем.

В случае необязательных вакцин человек принимает решение сам - вакцинироваться или нет. Некоторые из таких вакцин рекомендуются для младенцев (пневмококковая вакцина). Вакцины перед путешествиями используются в зависимости от распространённых в данной местности болезней (например, вакцинация против желтой лихорадки в Кении). Вакцинироваться вакцинами, не входящими в перечень обязательных и бесплатных, можно при необходимости в кабинете семейного врача или специальных кабинетах при инфекционной больнице. Вакцинироваться можно против следующих заболеваний:

• клещевой энцефалит
• гепатит А и Б
• тиф
• полиомиелит
• ветряная оспа
• менингококк
• пневмококк
• желтая лихорадка
• холера
• бешенство (в случае нападения животного человека вакцинируют немедленно и бесплатно)
• ВПЧ (вирус папилломы человека)
• грипп (требуется новая вакцинация каждый год)

Вакцинация проводится по определённым схемам. Некоторые вакцины дают пожизненный иммунитет после вакцинации. В случае других вакцин через определённый промежуток времени следует делать повторный укол, чтобы клетки иммунной системы не забыли, как выглядит возбудитель болезни. Связанные с вакциной побочные эффекты обычно лёгкие и кратковременные. После инъекции вакцины подняться температура, и место инъекции может стать болезненным, покраснеть или припухнуть.

К врачу или семейной сестре можно смело обращаться по всем вопросам, касающимся вакцинации. Перед вакцинацией обычно проверяют состояние пациента, чтобы определить, имеются ли временные или постоянные противопоказания для иммунизации. Если есть противопоказания, то вакцинирование будет отложено или вообще отменено.